Подскажите пожалуйста, если отказ в визе, в паспорте есть об этом какие-то пометки?

Нет. Отметок в паспорте давно не ставят. Есть общая по шенгену база VIS, в которой будет виден ваш отказ или виза всем странам шенгена Поэтому, «старые истории» из разряда «я сейчас сделаю новый паспорт, и никто ничего не узнает»,-не работает. Идентификация по биометрии -с любым новым паспортом вас определят.

Больше информации по визе Испании можно найти в чате Телеграм — @VisaAsk_spain